蛋白質是病毒的另一類主要成分，包括結構蛋白和非結構蛋白。
非結構蛋白是指由病毒基因組編碼的，在病毒復制或基因表達調控過程中具有一定功能，但不結合于病毒顆粒中的蛋白質。
結構蛋白是指構成一個形態(tài)成熟的有感染性的病毒顆粒所必需的蛋白質，包括殼體蛋白、包膜蛋白和毒粒酶等。
殼體蛋白是構成病毒殼體結構的蛋白質，由一條或多條多肽鏈折疊形成的蛋白質亞基，是構成殼體蛋白的最小單位。殼體蛋白的主要功能是：
1)構成病毒的殼體，保護病毒的核酸醫(yī)學.全.在.線.提供. bhskgw.cn。
2)無包膜病毒的殼體蛋白參與病毒的吸附、侵入，決定病毒的宿主嗜性，同時它們還是病毒的表面抗原。
包膜蛋白是構成病毒包膜結構的蛋白質，包括包膜糖蛋白和基質蛋白兩類。主要功能是：
1)是病毒的主要表面抗原，它們與細胞受體相互作用啟動病毒感染發(fā)生，有些還介導病毒的侵入。
2)還可能具有凝集脊椎動物紅血球細胞、細胞融合以及酶等活性。
3)基質蛋白構成膜脂雙層與核衣殼之間的亞膜結構，具有支撐包膜、維持病毒結構的作用，并在病毒芽出成熟過程中發(fā)揮重要作用。
毒粒酶根據功能大致分為兩類：一類參與病毒侵入、釋放等過程，如T4噬菌體的溶菌酶；一類參與病毒的大分子合成，如逆轉錄病毒的逆轉錄酶。
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