基礎醫(yī)學院是南京中醫(yī)藥大學最大的一個教學科研機構，由中醫(yī)基礎學科、現(xiàn)代醫(yī)學基礎學科及部分公共基礎學科組成。全院共設10個教學科研單位，其中包括正常人體形態(tài)與功能學系(正常人體解剖與組織胚胎學教研室、生理學教研室)、人體疾病學與預防醫(yī)學系（病理學教研室、病原與免疫學教研室、醫(yī)學統(tǒng)計與預防醫(yī)學教研室）、生物基礎醫(yī)學院是
南京中醫(yī)藥大學最大的一個教學科研機構，由中醫(yī)基礎學科、現(xiàn)代醫(yī)學基礎學科及部分公共基礎學科組成。全院共設10個教學科研單位，其中包括正常人體形態(tài)與功能學系(正常人體解剖與組織胚胎學教研室、生理學教研室)、人體疾病學與預防醫(yī)學系（病理學教研室、病原與免疫學教研室、醫(yī)學統(tǒng)計與預防醫(yī)學教研室)、生物與生化學系（生物學教研室、生物化學教研室)、中醫(yī)基礎學系（中醫(yī)基礎理論與內經教研室、中醫(yī)診斷學教研室)、中醫(yī)方藥學系（中藥學教研室、方劑學教研室)、中醫(yī)臨床基礎學系（溫病學教研室、
傷寒與金匱要略教研室)、中醫(yī)醫(yī)史文獻學系（醫(yī)古文教研室、中醫(yī)醫(yī)學史與各家學說教研室)、數(shù)理學系（數(shù)學教研室、物理教研室)8個學系（17個教研室)，1個教學實驗中心和1個中醫(yī)藥文獻研究所。另外，還設有醫(yī)史博物館和南京中醫(yī)藥大學門診部。
醫(yī)學全.在.線網站bhskgw.cn 學院目前在職教職員工139人，其中教授21人，副教授36人；正研究員4人，副研究員5人，副主任醫(yī)師1人；博士生導師15人，碩士生導師32人；享受國務院特殊津貼者有3人，江蘇省名中醫(yī)專家4人，國家教學名師1人。在一大批建樹頗豐的中醫(yī)名家的帶領下，一批中青年骨干教師也正在茁壯成長，有的已經在學術界嶄露頭角，脫穎而出，其中有省級中青年專家1人，省“青藍工程”1人，省“333工程”第二層次培養(yǎng)對象1人，中青年教師具有博士學位的27人、碩士學位的53人，占全院教師總數(shù)的70.18%。
基礎醫(yī)學院是“國家理科科學研究和人才培養(yǎng)基地”（試辦)，擁有國家教育部重點學科1個——中醫(yī)醫(yī)史文獻學科；國家中醫(yī)藥管理局局級重點學科建設單位3個——中醫(yī)醫(yī)史文獻學科、中醫(yī)臨床基礎學科、方劑學學科；江蘇省政府重點學科1個——中醫(yī)臨床基礎學科。教學實驗中心為江蘇省高等學�；A課實驗教學示范中心建設點（中西醫(yī)基礎教學實驗中心)。有博士點、碩士點各7個—中醫(yī)基礎理論、中醫(yī)醫(yī)診斷學、方劑學、中藥學、中醫(yī)臨床基礎學科、中醫(yī)醫(yī)史文獻、中西醫(yī)結合基礎；碩、博士點涵蓋了學院所有的中醫(yī)基礎學科和現(xiàn)代醫(yī)學基礎學科。在課程與教材建設方面，學院有國家精品課程1門，江蘇省一類優(yōu)秀課程2門，二類優(yōu)秀課程5門；國家推選研究生使用教材1門，主編《中醫(yī)基礎理論》、《方劑學》、《溫病學》、《病理學》等中醫(yī)院校統(tǒng)編教材、規(guī)劃教材。學院主辦江蘇省品牌專業(yè)——中醫(yī)學專業(yè),包括中醫(yī)學（中西醫(yī)結合)、中醫(yī)學（臨床醫(yī)學)、中醫(yī)學（國家理科基地班)、中醫(yī)學（醫(yī)學生物技術)等12個專業(yè)方向，目前在院本科生2050人，博、碩士生220人。
學院在精心組織教學的同時，以重點學科為龍頭，結合各自的專業(yè)，充分發(fā)揮自身的特點和優(yōu)勢，積極組織廣大教師申報各級各類的有關科研課題，潛心進行科學研究。目前在研科研課題53項，其中，國家科技部重大基礎研究前期課題1項，國家自然科學基金課題4項，單項經費達到50萬元。繼《中醫(yī)方劑大辭典》、《中華本草》出版后，又一部跨世紀大型中醫(yī)藥學著作——新世紀版《中藥大辭典》已正式開編。
2002年以來學院曾先后獲得南京中醫(yī)藥大學精神文明單位、學院黨總支獲得江蘇省先進基層黨組織、院分工會獲得江蘇省總工會優(yōu)秀職工之家等稱號。
在“十一五”規(guī)劃期間，基礎醫(yī)學院全體師生，正以高度的歷史責任感和緊迫感，以飽滿的工作熱情，奮力拼搏，開拓創(chuàng)新，為使學院各項工作更上一個新臺階而努力奮斗。
