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3.1、編輯出版單位不同
《總覽》由北京大學圖書館與北京高校圖書館期刊工作研究會聯(lián)合研制而成，屬于民間性質；而《統(tǒng)計源期刊》由國家科技部委托中國科技信息研究所完成，具有一定官方性質。
3.2、學科分類原則不同
兩者都采用分學科統(tǒng)計評價指標數(shù)據(jù)的方法。學科劃分對期刊評價結果影響很大，學科劃分過大，小學科學術性強的期刊會被淹沒；劃分過細，小學科的一般性期刊就會進入核心區(qū)。《總覽》基本依據(jù)《中國圖書館分類法（第4版)》劃分學科，同時考慮學科期刊的數(shù)量、期刊性質等多種因素，共設學科類目74個�！督y(tǒng)計源期刊》則根據(jù)國家技術監(jiān)督局發(fā)布的學科分類國家標準和《中國圖書資料分類法（第4版)》的學科分類原則，同時考慮綜合性期刊情況及各學科期刊數(shù)量與學科性質差異，增設了綜合類和理工大學、工業(yè)綜合類、管理學類，對農(nóng)業(yè)學科及醫(yī)藥衛(wèi)生類學科作了進一步細分，共設55個學科類目醫(yī).學全.在.線網(wǎng)站bhskgw.cn。
3.3、期刊的來源與范圍不同
《總覽》以52種數(shù)據(jù)庫或文摘刊物作為評價指標統(tǒng)計源，統(tǒng)計文獻量總計達943萬篇，涉及期刊1.2萬種，通過多指標綜合評價的定量評價方法及定性評價，取各學科專業(yè)期刊數(shù)量的15%和進入統(tǒng)計的期刊數(shù)量的2%，共評選出1798種核心期刊。覆蓋的學科范圍廣泛，包括社會學科（社會學、政治、法律、軍事、經(jīng)濟、文化教育、歷史等)與自然學科（醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)、工業(yè)技術等)，但未收錄港、澳、臺及國內出版的英文刊物。
《統(tǒng)計源期刊》來源期刊的選擇綜合參考了國外重要檢索數(shù)據(jù)庫收錄國內期刊的情況及國內已有文獻計量分析成果、國內大型檢索工具、各學會學報及其重要期刊等各種期刊表，并征詢了專家意見，每年根據(jù)期刊文獻的被引用情況等因素對來源期刊表進行一定的調整。期刊入選原則是：①期刊文獻的同行評審；②期刊文獻計量指標；③期刊的社會和學科影響；④期刊文獻是否反映了本學科的研究成果；⑤照顧新興學科和高技術學科；⑥適當?shù)牡貐^(qū)性考慮；⑦在國際和國內的顯示度。《統(tǒng)計源期刊》僅包括國內出版的科技類期刊，包括國內出版的英文刊物，但不包含社會學科期刊。
3.4、評價指標體系不同
《總覽》采用定性與定量相結合的方法，核心期刊選擇了52種數(shù)據(jù)庫或文摘刊物作為評價指標統(tǒng)計源，評價指標體系由7個評價指標組成：被索量、被摘量、被引量、他引量、影響因子、被摘率、獲獎或被重要檢索工具收錄。專家定性評審力度大，共選聘1871位評審專家參加了核心期刊的評審。而《統(tǒng)計源期刊》定性評價力度相對小，雖然經(jīng)過一定的同行評審，但以定量研究為主，強調研究結果的客觀性。2004年評價計量指標選擇了兩部分共15項指標：①期刊引用計量指標：總被引頻次、影響因子、擴散因子、引用期刊數(shù)、即年指標、他引率、被引半衰期。主要顯示期刊被讀者使用和重視的程度，以及在科學交流中的地位與作用。②來源期刊計量指標：來源文獻量、參考文獻量、平均引用率、平均作者數(shù)、地區(qū)分布數(shù)、機構數(shù)、國際論文比、基金論文比。通過來源文獻的統(tǒng)計分析，全面描述該期刊的學術水平、編輯狀況和科學交流程度。
3.5、收錄期刊數(shù)量不同
《總覽》核心期刊表收錄期刊總數(shù)1798種，其中生物科學類44種，醫(yī)藥衛(wèi)生類223種。《統(tǒng)計源期刊》收錄期刊總數(shù)1576種，其中生物科學類51種，醫(yī)藥衛(wèi)生類423種。223種生物醫(yī)學期刊既是《總覽》中確認的核心期刊，又是統(tǒng)計源期刊。兩者在特種醫(yī)學、耳鼻咽喉、皮膚、神經(jīng)病學與精神病學、腫瘤學、兒科、婦產(chǎn)科、口腔醫(yī)學、外科、皮膚與性病等學科類目中所收刊種完全一致。
3.6、出版周期不同
《總覽》每4年出一新版，出版時間比數(shù)據(jù)統(tǒng)計大約滯后2.5年，反映期刊變化不夠及時�！督y(tǒng)計源期刊》每年更新，能夠較快反映期刊發(fā)展動態(tài)醫(yī).學全.在.線網(wǎng)站bhskgw.cn。
3.7、對綜合性學科與邊緣性、交叉性學科期刊評價效果不同
由于《總覽》是分學科評價的，因此綜合性和交叉學科期刊會因為刊載的論文學科分散而難以進入核心期刊表。2000年版開始通過增加綜合性學科類目，將綜合性期刊分散在各學科的數(shù)據(jù)匯總一起進行評價，產(chǎn)生綜合性核心期刊表，較好解決了綜合性期刊問題。但邊緣性、交叉性學科的優(yōu)秀期刊進不了核心區(qū)的問題仍未能很好解決。
《統(tǒng)計源期刊》選擇入選期刊時給新興學科和高技術學科一定考慮，并適當照顧期刊的地區(qū)性。
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