從上面介紹的臨床醫(yī)學現(xiàn)行的學科分類情況不難看出，這些分類原則帶有一定的“隨意性”和“人為性”，有些學科建立的原則并不能反映出研究對象間的內在聯(lián)系，特別是按治療方法建立的內科學與外科學。而科學的發(fā)展都要求有一個盡可能合理的體系�？茖W的體系不合理，不僅對科學的發(fā)展不利，對它的應用（教學、研究機構的設置與管理等)也會帶來諸多不便。現(xiàn)在臨床醫(yī)學的體系就面臨著一個變動改革的形勢，其中首當其沖的就是內科學與外科學。這兩個學科是按治療手段來劃分研究對象（疾病)的，這種學科建立的原則有兩個明顯的缺點。
第一，過于籠統(tǒng)，幾乎一切疾病的治療都離不開藥物與手術。因此內外科的內容過于廣泛。沒有一個人能夠全面精通內科或外科領域的所有疾病的診斷和治療。現(xiàn)在我們雖然還能看到“內科學”與“外科學”的洋洋灑灑的巨著，但翻開來一看，其作者往往是一大批人（有時數(shù)以百計)，其中每個人只對書中某些章節(jié)有比較權威的發(fā)言權，而其他方面就不一定有多少研究。因此一個醫(yī)院處理疑難病的會診時，常常不能滿足于內外科的名稱，一定要弄清這個病涉及哪個系統(tǒng)，需要解決什么難題。如果是一個內科呼吸系統(tǒng)的疾病，而派出一位內科血液病的專家去，就很難解決問題。同樣，請泌尿外科的專家去搞斷肢再植，或讓基本外科的醫(yī)生去做困難的顱腦手術，都是難以收效的。因此，“內科學家”，“外科學家”的名稱，已不能滿足實際應用的需要了。在實際工作中為了解決這個問題，許多醫(yī)療機構在內、外科又劃分了許多亞專業(yè)。以協(xié)和醫(yī)院為例，內科就分了傳染、免疫、心血管、腎病、呼吸、消化、血液等七個專業(yè)組，內分泌則已獨立建科，不再歸內科。外科也分成基本外科（腹部為主)、骨科、胸外科、泌尿外科、麻醉科等六個專業(yè)組，整形外科則早已獨立建院。不論是內科、還是外科，專業(yè)組都有自己的專家門診和病床以及本專業(yè)發(fā)展的計劃，有的還有自己獨立的實驗室。內外科的普通門診，實際上主要起分診作用。復雜一些疾病的診斷、治療問題，主要靠�？崎T診解決（在這些方面外科比內科更為明顯)。總之，學科發(fā)展與建設的重心，已經(jīng)轉移到各專業(yè)組。內科與外科只是在青年干部的培訓（尚未分專業(yè)前)和行政管理等方面，作統(tǒng)一步調的安排，因此很難形成統(tǒng)一的學科建設指導中心。
第二，研究對象劃分的不確定性。許多疾病在某一階段：可以用藥物治療，而另一階段卻必須手術治療，有時兩種方法都可以治療，或需要同時采用。在這種情況下，一個病人的情況卻分別由兩個學科的醫(yī)生從不同的角度去掌握，難免會發(fā)生不能全面權衡病情的需要，使病人得不到最及時治療的情況，有時還可能出現(xiàn)互相推諉的現(xiàn)象。
還有，一個疾病主要應用什么方法治療是會發(fā)生變化的。如風濕性心臟病及慢性腎功能衰竭，本是傳統(tǒng)的內科疾病，但近十余年來由于瓣膜移植、腎移植的開展，又成為外科研究的對象了。如果拘泥于傳統(tǒng)的內外科分工，這些研究成果的取得就有一定困難。
由于這些原因，本世紀中葉以來，內、外科逐漸出現(xiàn)了一大批亞專業(yè)，許多內外科的國際性學術活動，往往以亞專業(yè)為主，它們有各自的基礎理論研究，自己的國際性的學術組織，自己的學術刊物；不分亞專業(yè)的內、外科的活動雖然還有，但它的重要性有逐漸下降的趨勢。
除了分化的趨勢以外，還出現(xiàn)了重新組合的趨勢。這表現(xiàn)在內、外科研究同一系統(tǒng)或解剖部位的亞專業(yè)之間的聯(lián)系日益加強。這主要由于它們所需要的基礎知識與研究的對象（疾病)大體相同。例如內科的消化專業(yè)與外科的腹部外科的聯(lián)系，往往比與同屬內科的血液專業(yè)，呼吸專業(yè)更多，關系更密切。為了更好地提高對消化系統(tǒng)疾病的診斷、治療水平，往往需要這些亞專業(yè)打開內、外科的界限通力合作。在國外，這種重新組合的趨勢在醫(yī)學教育中已有反映，并引起了課程設計的改革。不少著名的醫(yī)學院校臨床醫(yī)學的教學已經(jīng)改為按解剖生理系統(tǒng)建立課程的趨勢。例如腎病這門課，就從腎的解剖、生理、組織講起，接著就教腎病的病理，與內、外科疾病的診斷與治療。其他系統(tǒng)也如此。據(jù)認為這種既打破基礎醫(yī)學與臨床醫(yī)學，也打破內、外科界限的課程設計，可以減少過去醫(yī)學教育中過多的重復，提高學習效率與質量。這個信息告訴我們：傳統(tǒng)的學科分工并不是神圣不可侵犯的，因為這種分工有時把作為一個整體的人支解開來分別對待，不一定有利于醫(yī)學的發(fā)展，也不利于病人，我們在沿用傳統(tǒng)的學科劃分時，仍應強調對病人的全面觀察與全面負責，自覺地擷取其長，防止其局限性。
